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PCR就是利用DNA聚合酶对特定基因做体外或试管内In Vitro的大量合成，基本上它是利用DNA聚合酶进行专一性的连锁复制。PCR仪器温度控制性能的影响因素：

1、仪器老化对实验结果的影响。虽然PCR仪没有任何的机械或可移动部件，但是那并不意味着它不会磨损。电子器件的性能会随着时间的延长而老化，并由于过度的使用而加速老化。Peltier器件的失效或磨损会引起模块的热斑或冷斑，通常PCR仪器不能识别这种由于机械磨损，基因扩增仪厂家，模块延展和收缩效应引起的温控性能的不同。因此，为掌握这些情况，实时监测PCR仪的温度控制性能是重要的。出于同样的原因，PCR仪温控性能的失常通常是实验失败或毁坏循环反应的重要原因。　　

2、外部因素对实验结果的影响。不同PCR仪品牌与型号在温度控制性能上的不同直接影响了三种温度平台的温度的准确性和不均一性，因而影响了整个PCR反应的实验结果。另外，升温速度的不同，温度下降梯度的不均一性，温度过低，温度过冲，梯度基因扩增仪，也是重要的因素。较差的情况，一个本该阳性的结果却可能得出阴性的结果。对于实时PCR，荧光信号输出和产量/溶解曲线，直接与温度控制有关系，基因扩增仪，而这些结果很可能是戏剧性的。

对于使用染料法的定量PCR反应，虽然有各种各样的PCR引物设计软件或者经验公式计算熔解温度（Tm值），但运用的公式不同、引物序列不同，Tm值的差异会很大。

引物的熔解温度决定了退火温度。而且模版中碱基的组合千变万化，对于特殊片断，经验公式得到的数据不一定能得出准确的结果，退火温度细微的差异对结果都可能产生决定性的影响，因而“摸条件”一度是让人很头疼的问题。梯度PCR的出现部分解决了一些问题——在反应过程中每个孔的温度控制条件可以在指l定范围内按照梯度变化，荧光定量基因扩增仪，根据结果，一步就可以摸索出较适合的反应条件。

不单退火温度，连变性温度和延伸温度都可以优化——对于多种聚合酶混合酶扩增如Invitrogen、Clontech、Promega的多数高保真Taq酶来说这个非常重要，因为Taq和校正酶的较l佳反应温度可能有显著差异，优化延伸温度就显得很重要。